Ongeveer een eeuw geleden is de Gereformeerde Gemeente van Berkenwoude ontstaan. Ze is geïnstitueerd op 18 augustus 1913. Ds. D.C. Overduin ging voor in deze dienst.

Omdat het kerkgebouw aan het Westeinde in 1958 werd toegewezen aan de Gereformeerde Gemeente in Nederland, werd op 1 maart 1959 een houten noodkerk in gebruik genomen.

Die stond aan de Dorpsstraat op het erf van de familie H. Markus. Dit gebouwtje werd al spoedig te klein.

In 1969 werd aan de Prinses Beatrixstraat een nieuwe kerk gebouwd. Aan het eind van de jaren zestig was er nog geen sprake van bebouwing aan de Prins Bernhardstraat en De Groene Zoom bestond nog niet. De toenmalige consulent van de gemeente, ds. A.F. Honkoop, was bij het slaan van de eerste paal aanwezig. Ook vanuit de kerkelijke gemeente was er volop belangstelling.

Op 22 oktober 1969, toen het nieuwe kerkgebouw in gebruik werd genomen, ging ds. A.F. Honkoop voor in de eredienst.

In de jaren 1980, 1989, 1995 en 2005 werd het kerkgebouw uitgebreid. Het balustradeorgel werd in het voorjaar van 1996 geplaatst en komt uit het voormalige kerkgebouw van de Gereformeerde Gemeente te Bodegraven.

Zondag 18 augustus 2013 bestond de gemeente 100 jaar. Ds. G. Clements preekte in de avonddienst n.a.v. Zacharia 4:10^a. Op zaterdag 31 augustus was een jubileumbijeenkomst met vele genodigden. Tijdens die bijeenkomst presenteerde oud-ouderling I.A. Kole een gedenkboekje.

Vanaf 2013 werden er plannen gemaakt voor een nieuw kerkgebouw op de huidige locatie (Pr. Beatrixstraat) of elders in het dorp. Dit heeft geresulteerd in de bouw van een nieuw kerkgebouw aan het Oosteinde 4a. Dit is op de plaats waar vroeger de boerderij van fam. Verbree stond. Zondagavond 26 september 2021 preekte ds. W. Silfhout voor het laatst in het oude kerkgebouw over 1 Petrus 1: 25.  Donderdagavond 30 september werd het nieuwe kerkgebouw geopend door ds. G. Clements vanuit Johannes 4: 14.